傅斯年去世后的反应，在大陆传来了零星的声音，而他所留下的影响，深深烙印在了人们心中。1948年，国府面临撤退的巨大压力，为了争取知识分子的支持与同情，制定了“平津学人抢救运动”，而傅斯年作为运动指导小组的成员之一，肩负着重任。蒋经国、陈雪屏和傅斯年共同参与了这项计划，然而，这个计划并未如期得到预期的效果。 傅斯年在学界与政界都有着深厚的根基，他有着广泛的人脉。为了说服知识分子南下或前往海外，他不遗余力地写信、面谈，不论多么辛苦，他都尽力去争取每一个人。但他遭遇的却是冷漠与拒绝，连自己的学生也未能动摇。中研院的81名院士中，最终选择出走的仅有19位，而留下来的多达61位，出走比例不足25%。 傅斯年无奈地看着那些他曾拼命劝说的人离去，仿佛自己的一片心血最终如落花般飘零，难以留住。傅斯年，虽然声名赫赫，却也因为自己的强势家长式作风，导致许多学人对他产生了距离感，这种霸道的作风成为他们不愿意与他沟通的重要原因。

1949年1月，台湾省主席陈诚任命傅斯年为台湾大学校长，并且劝他尽快赴台，共同度过这段艰难时光。与此同时，台湾的学潮此起彼伏，台大和师范学院的师生都在为社会动荡和战乱而焦虑不安，傅斯年面临着前所未有的压力。他明确表态，坚决反对这种动荡，同时也力图保护学生们的权益，努力为他们提供一个安静的学习环境。这个过程中，傅斯年消耗了大量的精力，但也未能改变社会风暴的方向。 1950年12月20日，傅斯年在台湾大学进行教育质询时，突发脑溢血，最终离世。第二天，台大宣布停课一天，并下半旗致哀，校园里弥漫着悲伤与哀悼的氛围。傅斯年被安葬在台大校园，这个地方如今已成为台湾大学精神的象征。他的离世，标志着一个时代的终结，也让无数人怀念与敬仰。 傅斯年亲人中的儿子傅仁轨，资料极少，几乎没有公开的照片，生活也显得非常低调。傅斯年去世时，傅仁轨年仅15岁，正在美国求学，然而因为经济困境，他未能赶回台湾参加父亲的葬礼。这在今天看来，实在让人难以理解——校长的儿子怎么会如此清贫呢？傅仁轨为了安慰失落中的母亲，写下了一封家信，信中，他安慰母亲继续坚强工作，尽管自己失去了父亲，但他表示理解与接受生命的无常。他并不迷信，但坚信父亲的灵魂会一直守护着他们。 傅仁轨的母亲，俞大綵，出身于绍兴的名门望族，后来在台湾大学教授英文。关于她的消息不多，似乎已经隐匿在了历史的尘埃中，难以寻觅。 与此同时，大陆的反应却是异常冷静，甚至有些寂静。傅斯年的北大学生、著名宋史专家邓广铭，在1951年1月得知恩师去世的消息后，虽不再与傅斯年有直接的联系，但依旧在家中痛哭流涕。虽然他心中充满了悲痛，但却没有敢在公开场合写下悼文。傅斯年曾委托从美国回国的北大数学教授江泽涵转告邓广铭，傅斯年留下的书籍将全部赠与他。但可惜的是，在当时的政治氛围下，傅斯年已经被视为“被声讨”的人物，所有遗物被认为应由政府接管，而学生则没有权利决定这些物品的去向。 傅斯年与史家陈寅恪的关系复杂且深远。得知傅斯年去世后，陈寅恪写下了《霜红龛集望海诗云》一首，用传统诗句来悼念这位曾经的“傅青主”。陈寅恪的诗中透露出他对傅斯年的深刻感情与无尽惋惜，也让人感受到学术界之间那种既有竞争又充满尊重的微妙情感。 至此，陈寅恪与傅斯年长达二十多年的情谊也彻底结束。傅斯年一直希望陈寅恪能来台湾，即使在台湾戒严之后，傅斯年依然通过陈诚为他写下了入台申请信，然而这一切都未能成行。 与傅斯年因学术争执交恶多年的史学家顾颉刚，得知傅斯年去世的消息后，心情显得极为复杂。他在日记中写道，虽然傅斯年未能有所“成就”，但依然是“枭雄”一代，极具才干，遗憾的是，未能真正实现他的理想。顾颉刚的日记中流露出的感情，是对曾经学术交锋的悔恼与尊重。他虽与傅斯年交恶，但依然对傅斯年的学术地位有所敬重。